2019年10月11日零时起，宁启铁路实行新的列车运行图，宁启铁路首次全线贯通，开行CR200J复兴号动力集中型动车组列车。2020年8月，宁启铁路开通了铁路e卡通业务，可实现坐火车出行不用提前购买车票，只需出示二维码即可完成进站、乘车、出站所有环节。宁启铁路是国家快速铁路网和长三角地区城际轨道网的重要组成部分，尤其是与开通的沪苏通铁路连接后，对于密切长三角各城市间联系及对外交流合作、促进区域社会经济发展的作用日益凸显，客流量持续上升。2021年，宁启线旅客发送量1017.3万人次。